Le dépistage massif est l'une des armes incontournables de la lutte contre le Covid-19 et qui devra accompagner le déconfinement afin d'enrayer la propagation du virus.

« A la sortie du confinement, nous serons en capacité de massifier nos tests, a déclaré le Premier ministre Édouard Philippe le 28 avril après-midi, lors de la présentation du plan de déconfinement. Nous nous sommes fixé l'objectif de réaliser au moins 700 000 tests virologiques par semaine. Pourquoi 700 000 ? Parce que le conseil scientifique nous dit à ce stade que les modèles épidémiologiques prévoient entre 1 000 et 3 000 cas nouveaux chaque jour à partir du 11 mai. Parce qu'à chaque cas nouveau cas correspondra en moyenne le dépistage d'au moins 20 à 25 personnes l'ayant croisé dans les jours précédents. [...] 700 000 nous donne la marge qui nous permettra, en plus des tests des chaînes de contamination, de mettre en œuvre des campagnes de dépistage comme nous l'avons engagé pour les Ehpad, notamment. »

L'enjeu réside donc dans les capacités du pays à réaliser ces tests massivement afin de prévenir au mieux tout rebond de l'épidémie.

Plusieurs dizaines de milliers de tests à la fois

SeqOne, société de bio-informatique basée à Montpellier, développe des outils d'analyse génomique de pointe pour des applications cliniques dans les domaines du cancer et des maladies rares. Son produit phare, SeqOne Platform, est une solution entièrement basée sur le cloud et qui réduit les délais et les coûts nécessaires pour fournir des analyses génétiques précises.

Le 1er mai, elle annonce avoir développé une solution de dépistage massif du Covid-19, exploitant les capacités de la dernière génération d'appareils d'analyse génomique à très haut débit.

« Les tests les plus fiables utilisent la technologie qPCR qui permet d'identifier la signature du virus mais qui ne permet de tester qu'un faible nombre de patients par machine, et au mieux 2000 à 3000 par jour pour les plus performantes, explique Jean-Marc Holder, Chief Operating Officer chez SeqOne. A ce rythme, même avec des achats importants d'équipements, il sera difficile de tester toutes les personnes qui doivent être dépistées dans un temps acceptable. Une augmentation massive et rapide des capacités ne pourra se faire qu'en utilisant des technologies plus puissantes et disruptives. Or cette nouvelle génération de séquençage - Next-Generation Sequencing ou NGS (à très haut débit, donc - NDLR) - alliée à une technique innovante de multiplexage permet d'effectuer plusieurs dizaines de milliers de tests d'un seul coup. De plus, ce sont des machines déjà disponibles en grande quantité sur le territoire français et qui sont relativement disponibles en ce moment compte tenu de la priorisation du système de santé sur les questions liée au Covid-19. Autre atout : en plus du niveau d'infection du sujet, le NGS permet de mesurer sa charge virale, permettant une analyse plus fine de la progression épidémiologique de l'infection. »

Validée en laboratoire

L'idée de SeqOne a donc été d'adapter les machines de séquençage haut débit, et l'entreprise travaille sur le sujet depuis trois semaines, en collaboration avec plusieurs laboratoires et avec l'appui du gouvernement.

« Le ministère de la Santé et le ministère de la Recherche, ainsi que et le Comité Analyse Recherche et Expertise (CARE - ndlr) ont été séduits par notre approche et ils nous ont aidé pour aller plus vite, ajoute Jean-Marc Holder. La solution a déjà été validée en laboratoires, tant en quantité qu'en qualité, et nous travaillons maintenant à son déploiement à grande échelle au niveau national, en partenariat avec les principaux laboratoires de test médicaux et les pouvoirs publics. »

Compte tenu de l'enjeu et le du volume de données requis, SeqOne annonce avoir noué un partenariat avec OVHcloud, « garantissant la souveraineté des données grâce à sa solution HDS (Hébergement de Données de Santé) ».

Selon Jean-Marc Holder, « le lancement devrait pouvoir se faire dans les semaines à venir ».

Cécile Chaigneau

01 Mai 2020, 8:00

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