Diplômé de droit public puis de l'Institut Régional d'Administration de Lyon et du cycle préparatoire à l'ENA à Paris, Philippe Prost, après un début de carrière comme agent comptable d'établissement, a été chef du département administratif et financier de l'ONISEP à Paris puis secrétaire général adjoint de l'académie de Montpellier. Il a ensuite exercé les fonctions de secrétaire général de l'IUFM de La Réunion. Depuis septembre 2004, il était secrétaire général de l'Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse, où il a notamment accompagné la mise en place de la loi LRU, travaillé sur l'accession aux responsabilités et compétences élargies de l'université, et piloté la mise en place du LMD et de la LOLF.